故事始于死神界中一個無聊的死神把一本“死亡筆記本”遺落人間，被一個無聊的天才拾到了這本筆記……
夜神月——就讀于名牌大學東應大學的尖子生。這位被寄予將來成為警視總監（日本警察職銜之一）厚望的天才卻暗暗感到所謂法律的正義是有界限的。看著惡性事件的持續發生、不起訴以及未解決案件的增多、藥物慣用者殺人竟被判無罪，夜神月在絕望中丟棄了《六法全書》（日本收載現行主要法律的書籍）。就在這個時候，一本黑色封面的筆記本突然闖進月無聊的生活里，筆記本上赫然寫著“DEATH NOTE”。在寫著“如何使用”的那一頁上，有這樣一句話：只要名字被寫在上面的人都會死。月雖然不相信但還是在筆記上隨手寫上了從電視上看到的誘拐殺人犯的名字。沒想到，第二天月竟然從報紙上得知被自己寫在筆記上的男人突然在獄中身亡。“原來這本死亡筆記是真的，未來由我來主宰！”月不禁這樣想道。
這本筆記的主人——死神琉克緊接著筆記突然出現在月的面前。琉克的出現并沒有改變什么，月已經決定利用自己的雙手制裁犯罪者，構筑理想中的世界。
逃亡中的惡性事件罪犯、借權力得以逃脫罪名的當權者，一切應該受罰卻逃脫了的人相繼神秘地死去。在互聯網上，出現了一個以“KIRA=基拉”為名的“救世主”，他，到底是正義的使者還是罪孽深重的惡魔？
另一方面，ICPO（國際刑警組織）為了調查這一連串的基拉事件，將一個天才派往日本警察廳。他就是擁有超群情報收集能力以及神秘的推理能力、解開了許多世界上各種難以破解的案件的L（松山健一）。受到L的指示，日本警察、甚至連FBI也開始一起通緝基拉……