1991年6月29日（土）に東寶系にて劇場公開作品。TV版のラストから3年後のストーリー。テレビ版から続投するのはナディアとジャン、グランディス、サンソン、ハンソンの5人だけであり、マリーやキング、エアトン、エレクトラを始めとするノーチラス號伣M員はナディアの回想シーン以外では登場しない。この回想シーンは映畫序盤で斷続的に30分ほど続き、作畫はテレビ版の流用である。TV版最終回で存在が明らかになった、エレクトラとネモ船長の子供も登場しない。當初はガイナックスが制作する予定だったが、監督の庵野秀明はテレビ版で燃え盡きたとして擔當せず、プロットとキャラクターデザインを作った段階でガイナックスは予算を使い果たしてなお完成させることができず、殘りをグループ?タックが制作した。ガイナックスはプロットとデザインの他、劇中のテレビ版のダイジェストの編集のみを擔當。そういったドタバタが災いしてか、映畫自體は高い評価は得られなかった。武田康廣の回想録によれば、このときグループ?タックに踏み倒した格好の5000萬円が返済されるのは『新世紀エヴァンゲリオン』のヒット以降になる。