經過了數千年，太陽神阿波羅再次復活，他帶領著他的神斗士以及用神力使在十二宮中死去而復活的黃金圣斗士來到了陸地。他決心要發動大洪水，重新創造一個屬于神的世界。他主動邀請雅典娜一起統治新的世界。沙織假裝同意，但是伺機暗殺阿波羅，未果，反而被殺。修羅和卡妙首先發難，卻被三名神斗士圍攻，不敵而亡。星矢知道雅典娜已死，于是，來太陽神殿找阿波羅算賬，途中遇到了紫龍、冰河、瞬和一輝。終于在黃金圣斗士的幫助下，五人來到了阿波羅神殿，星矢穿上人馬座黃金圣衣，而紫龍及冰河也分別穿上他們師父的天秤座及水瓶座黃金圣衣。但在阿波羅的攻擊下，只有矢避開了。星矢雖然不能傷到阿波羅，但卻以小宇宙的力量救回了雅典娜。星矢重新振作，發揮超越神的力量，一箭射倒了阿波羅。這顆巨大的太陽，最終也落下去了。