在正在旅行的小智一行人面前，突然出現了一個徽种�白煙的龐然大物從天而降落在他們的面前，落下的震蕩和沖擊導致四周的塵土飛揚。在白煙和塵土中出現的是一個巨大的身影——正是夢幻之神奇寶貝ボルケニオン。在遠離人煙的濃霧高原上，和被人類傷害過的神奇寶貝們共同生活的ボルケニオン，實際上非常討厭人類。無視小智一行人匆忙離去的ボルケニオン，立即準備離開，但從天而降的沖擊使奇妙的裝置把它和小智粘在一起，兩位無法分開。束手無策的ボルケニオン只好拖著小智繼續跑去。在另一個地方，巨大的齒輪在四面八方持續轉動著。超級機械都市水銀王國的大臣賈維斯獲得了長年索求的究極發明。這就是500年前在王國誕生卻早已失蹤的人造神奇寶貝—マギアナ，和在マギアナ身體內潛藏的名為“靈魂之心”的未知力量。賈維斯想要利用這個力量支配王國，ボルケニオン想要把在濃霧高原被帶走的マギアナ搶回來，叫道：“果然人類罪不可恕！”最終時刻，緊緊相連的ボルケニオン和小智，究竟是否能夠合力救出マギアナ嗎？緊接著，潛藏在“靈魂之心”中的真正力量是什么？就是現在，神奇寶貝史上最熾熱的戰斗即將開始！